After the Ottoman victory at Mohács in 1526 the frontier moved north and Pressburg — today's Bratislava — became the capital of what was left of the kingdom, which put Svätý Jur an hour's ride from the government and its thirsty court. The counts' line died out in the sixteenth century (sources give 1526 and 1543), the estate changed hands, and in the seventeenth century Štefan Ilešházy built himself a Renaissance manor down in the town instead of living in the draughty castle above. Between 1603 and 1664 the townspeople walled their town, because Ottoman raiding parties were reaching this far north. The reward for all that wine money came in 1647, when Emperor Ferdinand III made Svätý Jur a free royal town: no landlord over it, its burghers answerable to the king alone and running their own wine trade.Po osmanskom víťazstve pri Moháči v roku 1526 sa hranica posunula na sever a hlavným mestom zvyšku kráľovstva sa stal Prešporok — dnešná Bratislava; Svätý Jur sa tak ocitol hodinu jazdy od vlády a jej smädného dvora. Rod grófov v 16. storočí vymrel (pramene uvádzajú roky 1526 aj 1543), panstvo zmenilo majiteľov a v 17. storočí si Štefan Ilešházy postavil renesančný kaštieľ priamo v mestečku, namiesto aby býval na prievanovom hrade nad ním. V rokoch 1603 – 1664 si mešťania mesto obohnali múrom, lebo turecké lúpežné výpravy dosahovali až sem. Odmena za všetky tie peniaze z vína prišla v roku 1647: cisár Ferdinand III. povýšil Svätý Jur na slobodné kráľovské mesto — bez zemepána nad sebou, mešťania sa zodpovedali priamo kráľovi a obchod s vínom mali vo vlastných rukách.
