1554–1593 and 1596–1686 A town inside the sanjakMesto vnútri sandžaku

Jelšava was not merely raided by the Ottomans. For well over a century it was administered as part of the Ottoman sanjak — the district — of Fiľakovo, appearing in Ottoman tax registers as Yoşva. In 1556 the town was stormed and burned; its own tradition records hundreds of its people killed and hundreds more carried off, and afterwards it paid tribute. Like most of southern Slovakia it then paid twice, to the sultan and to the Hungarian king, because neither would concede the other's claim. The ironworking went on regardless: five smelting furnaces and four hammer mills were at work in 1573, and Protestantism took hold in the same decades.Jelšavu Osmani nielen prepadávali. Vyše storočia ju spravovali ako súčasť osmanského sandžaku — okresu — Fiľakovo a v tureckých daňových súpisoch vystupuje ako Yoşva. Roku 1556 mesto vyplienili a vypálili; domáca tradícia hovorí o stovkách zabitých a ďalších stovkách odvlečených a odvtedy Jelšava odvádzala poplatky. Ako väčšina južného Slovenska napokon platila dvakrát — sultánovi aj uhorskému kráľovi — lebo ani jeden neuznal nárok druhého. Železiarstvo napriek tomu bežalo ďalej: roku 1573 tu pracovalo päť hút a štyri hámre a v tých istých desaťročiach sa tu udomácnilo evanjelictvo.