Between the 1690s and the 1730s the shrine was rebuilt in Baroque form. The Baroque high altar was consecrated on 27 June 1694 by Bishop Pavol Széchényi, and the church was remodelled with side chapels between 1717 and 1735. Smaller chapels went up along the valley around it: St Anne in 1691, the chapel over the holy well in 1696, St Florian in 1700 and a chapel of the Virgin in 1721. The pilgrimage peaked in exactly these years — one account has 50,000 people at a single service in 1730 — and a large part of the reason is simply that this was the nearest important shrine to Pressburg, which was then the capital of Hungary.Medzi 90. rokmi 17. storočia a 30. rokmi 18. storočia dostala svätyňa barokovú podobu. Hlavný barokový oltár posvätil 27. júna 1694 biskup Pavol Széchényi a v rokoch 1717 až 1735 kostol prestavali a doplnili bočnými kaplnkami. V doline okolo neho pribudli menšie kaplnky: svätej Anny v roku 1691, kaplnka nad svätou studňou v roku 1696, svätého Floriána v roku 1700 a mariánska kaplnka v roku 1721. Púte vrcholili práve v týchto rokoch — jedna správa hovorí o päťdesiatich tisícoch ľudí na jedinej bohoslužbe v roku 1730 — a veľkú časť vysvetlenia dáva obyčajná zemepisná blízkosť: bola to najvýznamnejšia svätyňa pri Prešporku, vtedajšom hlavnom meste Uhorska.
