The free royal town lasted forty years. In 1271 and 1272 the Bohemian king Ottokar II campaigned through the region and left Nitra badly damaged, and in 1288 the king handed the town over to the bishop of Nitra as compensation for what the bishopric had lost. From that moment Nitra was a bishop's town rather than a royal one — a demotion in law it would not undo until 1848. In the early fourteenth century Matúš Čák of Trenčín, who ruled most of western Slovakia as though it were his own kingdom, damaged the town and the castle several times over. After him a bishop from the Polish Piast family built a new Gothic cathedral on the rock; the work was finished in 1355, and its tall upper church still stands above the Baroque one.Slobodné kráľovské mesto vydržalo štyridsať rokov. V rokoch 1271 a 1272 sa cez kraj prehnal český kráľ Přemysl Otakar II. a Nitru ťažko poškodil; roku 1288 kráľ mesto odovzdal nitrianskemu biskupovi ako náhradu za to, o čo biskupstvo prišlo. Odvtedy bola Nitra mestom biskupským, nie kráľovským — právny zostup, ktorý sa jej podarilo zvrátiť až roku 1848. Začiatkom 14. storočia mesto aj hrad viackrát poškodil Matúš Čák Trenčiansky, ktorý ovládal západné Slovensko, akoby to bolo jeho vlastné kráľovstvo. Po ňom dal biskup z poľského rodu Piastovcov postaviť na brale novú gotickú katedrálu; stavba sa dokončila roku 1355 a jej vysoký horný kostol stojí nad barokovým dodnes.
